Как ни странно, это может быть именно она - ржавчина. Несмотря на то, что посуда изготовлена из так называемой нержавеющей стали, большую её часть составляет железо. И, если сталь не самого высокого качества, риск появления ржавчины не исключён. Почистите кастрюлю специальным средством для нержавеющей стали. Должно помочь.
Хотелось бы ещё уточнить, что если Вы кипятили водопроводную воду, то не исключено, что на чайнике осела ржавчина из труб и не имеет отношения к качеству самого чайника. Родниковая вода также может быть железистая.